НКК можно рассматривать как сложный технический комплекс, состоящий из ряда систем, функционирование которых взаимосвязано и определяет возможность выполнения комплексом целевых задач.
    До сих пор считалось (по крайней мере, в СССР), что пилотируемый КА должен иметь возможность выполнить хотя бы первый испытательный полет в автоматическом режиме, что предполагало наличие на борту системы автоматического управления. Необходимо отметить, что в этом же направлении развивался и другой сложнейший техногенный объект, действующий в неблагоприятной внешней среде - атомные подводные лодки. Общеизвестна и тенденция к повышению автоматизации самолётовождения (сокращение экипажей транспортных машин с 5 до трех, а сейчас - до двух человек).
     НКК будут эксплуатироваться в среде, принципиально враждебной человеку. Более того – мы не знаем, и еще очень нескоро узнаем полностью весь спектр потенциальных опасностей космического пространства. Поэтому уже при проектировании НКК необходимо считаться с возможностью частичной или полной потери работоспособности экипажа. Отсюда очевидно требование автоматического возвращения НКК с любого этапа полёта, либо продолжения полёта с экипажем, численность которого меньше штатного (штатный экипаж НКК не будет очень маленьким, подробно этот вопрос рассматривается ниже).
     Все это требует применения высокоавтоматизированной системы управления бортовыми системами (СУБС).
     Предполагается, что для обеспечения максимальной надёжности и гибкости, СУБС должна иметь комбинированную (как иерархическую, так и распредёленную) структуру. Это вызвано, в частности, тем, что различные бортовые системы должны взаимодействовать на разных иерархических уровнях. Например, все системы выступают потребителями по отношению к СЭП, но при этом СОТР обеспечивает в том числе и работу отдельных элементов СЭП и т.д. При создании СУБС для сложных объектов, призванных действовать автономно, необходимо учитывать еще одну опасность. По достижении определенного числа элементов СУБС, построенной с использованием элементов искусственного интеллекта (а возможно, и без него) может произойти качественный скачок - возникнет сознание. Наименее тяжким последствием этого будет неисправимый отказ СУБС. Во избежании такой перспективы, необходима аппаратная «расшивка» блоков СУБС.